在学术界，论文查重范围通常包括正文和参考文献部分。参考文献是论文中引用的其他文献的清单，虽然不是原创内容，但也需要进行查重。查重软件通过比对文本内容的相似度来判断是否存在抄袭行为，包括对参考文献的查重。通常，查重软件会标注出与已有文献相似的部分，但不会将其算入抄袭范围。

查重软件在识别参考文献时会采取特殊处理方式，通常会设置排除引用的选项，以避免将参考文献的内容算入查重结果。这样可以确保参考文献不会影响查重结果的准确性，同时保护学术引用的合法性。因此，学术论文中的参考文献虽然需要进行查重，但查重软件会通过设置排除引用的功能来准确识别和处理参考文献部分。